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二手电镜
成像方式与扫描电镜相似，不过接收的不是次级电子而是透射电子（包括部分小角散射电子）。样品也必须是薄膜，STEM的分辨本领与电子束斑直径相当。专门的STEM用高亮度场致发射电子枪（要求10-10托的超高真空）。分辨本领能达3┱。利用这种STEM已观察到轻元素支持膜上的单个重原子。对实际工作尤为重要的是可以利用它的微小电子束斑作极微区（几十埃）的晶体结构分析（用电子衍射）和成分分析（用电子束激发的标识X 射线或者用电子能量损失谱）。目前商品TEM可以带有STEM附件，不过因为没有高亮度场致发射枪，所以只能将束斑缩到几十埃。能做约100┱范围内的结构和成分分析。能在观察显微像的同时在其任意一个微小的局部做上述分析的电镜叫“分析电镜”。
除次级电子外，用背散射电子（经过多次散射后又从试样表面出来的入射电子）成像可辨别原子序数的差别。用标识X 射线成像可辨别元素分布。其他效应如阴极荧光、电子束诱导电流在半导体材料和器件中有其应用。用电子沟道效应可得出晶体取向信息。
TEM衬度的形成，物镜后焦面是起重要作用的部位。电子经样品散射后，相对光轴以同一角度进入物镜的电子在物镜后焦面上聚焦在一个点上。散射角越大，聚焦点离轴越远，如果样品是一个晶体，在后焦面上出现的是一幅衍射图样。与短晶面间距（或者说“高空间频率”）对应的衍射束被聚焦在离轴远处。在后焦面上设有一个光阑。
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